1999
Die Mainova führt das noch heute existierende Ökostromprodukt ÖKaWe ein. ÖKaWe-Kunden erhalten 100 % Naturstrom aus Anlagen der Region: Energie aus Sonne (Photovoltaik) und Wasserkraft. Ergänzt wird das Ökostromangebot der Mainova durch das Produkt Novanatur.

2000
Mit der Einrichtung des OnlineService erfolgt eine für den Kundenservice wichtige Weichenstellung. Die Funktionen werden fortlaufend erweitert: Heute können angemeldete Kunden via OnlineService rund um die Uhr die Zählerstände eingeben, ihre neue Adresse, die neue Bankverbindung eintragen oder Abschlagsbeträge ändern. Zudem gibt es eine grafische Anzeige der Verbrauchshistorie und die Rechnungszustellung per E-Mail. Im selben Jahr wird die Hessenwasser GmbH durch die Mainova, die Südhessische Gas- und Wasser AG (Darmstadt) und den Zweckverband Riedwerke Kreis Groß-Gerau gegründet. Hessenwasser ist unter anderem Vorlieferant der Mainova und stellt Trinkwasser für insgesamt mehr als zwei Millionen Einwohner in Südhessen bereit. Ebenfalls im Jahr 2000 übernimmt die Mainova für den neuen Erdgasspeicher der Gas-Union in Reckrod die Betriebsführung. Der unterirdische Speicher besteht aus drei Kavernen, die jeweils rund 240 Meter hoch sind und einen Durchmesser von 75 Metern haben.

2001
Als zentrale telefonische Anlaufstelle für Kunden eröffnet die Mainova ihr CommunicationCenter. Die Kollegen an der ServiceLine beantworten kompetent Fragen zu Produkten und Preisen und nehmen auch Anregungen entgegen.

2002
Gründung der Biomasse-Kraftwerk Fechenheim GmbH & Co. KG. Das BKF kann jährlich in umweltschonender Kraft-Wärme-Kopplung rund 100.000 Tonnen Holzabfälle und Grünschnitt in rund 94.000 MWh Dampf und etwa 70.000 MWh Strom umwandeln.

2003
Baubeginn der Gas- und Dampfturbinenanlage im Heizkraftwerk Niederrad.

2004
Wechsel an der Unternehmensspitze: Dr. Stiens, der seit der Gründung die Mainova AG leitete, verabschiedet sich in den Ruhestand. Nachfolger wird zum 1. April Ewald Woste, der von der Nürnberger N-ERGIE nach Frankfurt am Main wechselte.

2005
Gründung der drei Mainova-Tochterunternehmen: die NRM Netzdienste Rhein-Main GmbH, die Mainova EnergieDienste und die Mainova ServiceDienste. Die rund 1.100 Mitarbeiter der NRM (Anteil Mainova: 90 %, Stadtwerke Hanau 10 %) betreuen, warten und verwalten die insgesamt rund 14.000 km langen Netze für Strom, Erdgas, Wasser und Wärme. Schwerpunkte der Mainova EnergieDienste (Anteil Mainova: 100 %) sind Contracting und Technisches Facility Management. Die Mainova ServiceDienste (Anteil Mainova: 100 %) ist für Messwesen, Abrechnung und die Kundenbetreuung zuständig.

2006
Eine neue Anlaufstelle für Mainova-Kunden wird in der Frankfurter Innenstadt eröffnet: Das ServiceCenter in der Stiftstraße 30 (Nähe Eschenheimer Tor). Am Jahresende wechselt der bisherige Mainova-Vorstandsvorsitzende Ewald Woste zur Thüga AG nach München, wo er ebenfalls den Vorstandsvorsitz übernimmt. Die Unternehmensführung der Mainova besteht nun aus den Vorständen Dr. Constantin Alsheimer, Lothar Herbst und Joachim Zientek.

2007
Angesichts des zunehmenden Wettbewerbs in der Energiebranche startet die Mainova als einer der ersten Regionalversorger den Gaswettbewerb mit dem Angebot novagas in Bonn. Im September erweitert die Mainova ihr Gebiet für den Vertrieb von Strom und Erdgas, das sich nun - mit Ausnahme von novagas - auf einen Radius von 50 Kilometer um Frankfurt am Main erstreckt. Ein wichtiger Meilenstein ist zudem die Ausgliederung des Tochterunternehmens SRM StraßenBeleuchtung Rhein-Main, welches für Planung, Bau, Betrieb und Instandhaltung von Straßenbeleuchtungsanlagen der Stadt Frankfurt sowie für Dritte (Städte, Kommunen und Privatpersonen) zuständig ist. Im November wird der Grundstein für das Gas- und Dampfturbinenkraftwerk im bayrischen Irsching gelegt. Das 800-Megawatt-Kraftwerk nimmt 2009 den Betrieb auf.

2008
Das Unternehmen setzt auf ein größeres Vertriebsgebiet für Privatkunden (Geschäftskunden werden bereis bundesweit beliefert): Das Vertriebsgebiet wird auf einen Radius von 100 km um Frankfurt am Main erweitert. Außerdem wird ein wichtiges Photovoltaik-Großprojekt umgesetzt. Ende November geht  im Frankfurter Stadtteil Heddernheim die zweitgrößte PV-Anlage der Stadt in Betrieb. Damit betreibt die Mainova insgesamt drei große PV-Anlagen in der Mainmetropole.    

2009
Zum 1. Januar übernimmt Dr. Constantin H. Alsheimer den Vorsitz des Vorstands. Ab Oktober ist Frau Dr. Marie-Luise Wolff viertes Vorstandsmitglied der Mainova AG. Sie verantwortet die Bereiche: Energiebezug und -handel, Marketing, Vertrieb (Privat- und Geschäftskunden) und Kundenservice.

2011
Im Juli übernimmt Herr Dr.-Ing. Peter Birkner als Technik-Vorstand die Bereiche "Asset Netze und Netzregulierung", "Asset und Anlagenbau Erzeugung" und "Betrieb und Instandhaltung Kraftwerke" und folgt damit auf Joachim Zientek.